رأی‌دهندگانی‌ که نامزد نشده‌اند، به ریاست یک قاضی غیرروحانی تعیین می‌کند. وظیفه این کمیسیون رسیدگی به همه امور و اشکالات انتخاباتی از جمله شمارش آرا و اعلان نتایج است.

انتخابات با رأی مخفی و طبق فهرست‌های مصوب برگزار می‌شود. هر رأی‌دهنده باید شناسنامه خود را نیز همراه داشته باشد. برگه رأی فقط باید متضمن نام نامزدان باشد. اگر در برگه رأی، بیش از عده معین‌شده نام نوشته شود، نام‌های آخر که بیش از حد لازم است، خوانده نمی‌شود. همچنین‌، تمامی آرای‌ سفید یا آرایی که دلالت آن بر نام‌های قیدشده در آن کفایت نمی‌کند و یا آرایی که هویت رأی‌دهندگان را نشان می‌دهد و یا علامتی خارجی بر آن قرار داده شده و یا تعبیری‌ زشت درباره‌ نامزدان و یا دیگران در آن به‌کار رفته باشد، در نتیجه رأی‌گیری‌ لحاظ نخواهد شد.

شمارش آرا بلافاصله پس از پایان عملیات رأی‌گیری‌ و با نظارت نامزدان صورت می‌گیرد و نتیجه انتخابات اعلام می‌شود. نام برندگان و شمار آرای هر نامزد را کمیسیون خاص یادشده در ماده سیزده این آیین‌نامه در صورت‌جلسه‌ای تنظیم می‌کند و با امضای اعضای این کمیسیون و نایب‌رئیس اول اعلام می‌شود.

نامزدی‌ که اکثریت نسبی آرای رأی‌دهندگان را کسب کند، پیروز انتخابات است و اگر آرای‌ دو یا چند نامزد برابر باشد، نامزدی‌ که سن بیشتری دارد، پیروز اعلام خواهد شد.

رئیس مجلس در طی مهلتی پانزده ‌روزه از تاریخ اعلان نتایج انتخابات، از منتخبان عضویت در هیئت‌های شرعی و اجرایی، برای انتخاب رئیس و نایب‌رئیس اول و دوم و دبیرکل‌ دعوت می‌کند.

این انتخابات با رأی‌گیری مخفی و در سه مرحله انجام می‌شود: در مرحله نخست انتخاب رئیس و در مرحله دوم انتخاب نایبان اول و دوم رئیس و در مرحله سوم انتخاب دبیرکل.

نتیجه این انتخابات‌ در صورت‌جلسه‌ای تنظیم می‌شود و به امضای رأی‌دهندگان می‌رسد و با چسباندن نسخه‌ای از آن‌ صورت‌جلسه بر در ساختمان مجلس اعلا، به اطلاع عموم می‌رسد.

مدت عضویت هر کدام از اعضای هیئت‌های فعلی شرعی و اجرایی در مدت عضویت‌ قانونی‌شان‌که از روز انتخاب رئیس در تاریخ 23/5/1969 آغاز شده است، ادامه می‌یابد. مجلس جدید، جز با پایان یافتن زمان‌ قانونی‌مجلس سابق آغاز به کار نمی‌کند.

اگر جایگاه‌ یک عضو در هیئت اجرایی بدون‌ متصدی بماند، بنابر احکام ماده بیست‌ قانون، جایگاه او پر خواهد شد.

در هر حال‌، فقط زمانی انتخابات‌ فرعی برگزار